Wewnętrznymi komórkami organizacyjnymi Biura Kontroli są:

1. Wydział Kontroli Finansowej (KW-W.I)
2. Wydział Kontroli Organizacji i Postępowań (KW-W.II)
3. Wydział Kontroli Technicznej (KW-W.III)
4. Wydział Kontroli Gospodarowania Nieruchomościami  (KW-W.IV)
5. Wydział Kontroli Zamówień Publicznych (KW-W.V) 
6. Wydział Koordynacji i Zarządzania Jakością (KW-W.VI)
7. Samodzielne Wieloosobowe Stanowisko Pracy ds. Organizacji i Zarządzania Budżetem (KW-OB)
8. Samodzielne Wieloosobowe Stanowisko Pracy Radców Prawnych (KW-RP)